ユーグレナは、鉄道建設・運輸施設整備支援機構と包括連携する。鉄道・運輸機構は、国と地方自治体からの公費等を財源として建設する仕組みのもと、新幹線建設を一元的に行い、内航海運や都市鉄道・地域鉄道を支えている。SDGsの理念に基づき、温室効果ガス排出量の一層の削減を進めるための有効な対応方策の一つとしてバイオ燃料のさらなる利用の可能性を探るため、連携する。内航船舶に、ユーグレナ社が開発したバイオ燃料の利用の可能性や、鉄道建設現場での利用の可能性を探ることになる。

内航船では軽油の代わりにバイオ燃料を利用することや、Ａ重油とバイオ燃料の混焼などの導入試験を実施する。鉄道建設に関わる多くの建設会社にもバイオ燃料の利用を呼びかけることで、普及に弾みがつく可能性がある。